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les staphylocoques à Coagulase négative (CoNS) constituent une partie indigène du microbiote de la peau et des muqueuses humaines et animales (1)., Sur une période de plusieurs décennies, les CoNS et en particulier Staphylococcus epidermidis ont évolué en tant que pathogènes opportunistes importants, causant principalement des infections associées aux soins de santé chez les patients atteints de dispositifs médicaux à demeure (2, 3). Ces infections étaient auparavant principalement considérées comme étant d’origine endogène, mais des preuves considérables ont été accumulées confirmant que les génotypes nosocomiaux de S. epidermidis colonisent les patients et le personnel de santé et causent une proportion importante d’infections associées aux soins de santé (4-11). S., epidermidis est actuellement le principal agent pathogène dans les infections de la circulation sanguine liées aux cathéters et la septicémie néonatale précoce et est également une cause fréquente d’infections des articulations prothétiques, d’endocardite valvulaire prothétique et d’autres infections liées aux dispositifs biomédicaux (12-15). Un défi clinique majeur est que ces infections sont souvent causées par des phénotypes de S. epidermidis multirésistants et que les infections sont de nature chronique en raison de l’adhérence et de la formation de biofilm sur les dispositifs médicaux à demeure., Ces facteurs entravent le traitement antimicrobien et peuvent éventuellement nécessiter le retrait des dispositifs biomédicaux pour éliminer les infections (2).

comparativement à ce qui a été observé pour le Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), on en sait beaucoup moins sur l’épidémiologie et la transmission de S. epidermidis dans les milieux de soins de santé, même si les souches de S. epidermidis sont reconnues comme des pathogènes nosocomiaux importants depuis plus de 30 ans (2, 16). Cette négligence peut être attribuable à l’ignorance de l’ampleur de l’impact de S. epidermidis sur les infections liées aux soins., Notamment, les estimations de cette importance clinique des CoNS dans le cadre des soins de santé diffèrent même entre les pays D’Europe du Nord (17, 18). L’importance de S. epidermidis en tant que cause d’infections associées au bétail a récemment fait l’objet d’études (19).

pendant un certain nombre d’années, il y a eu un manque de méthodes simples et fiables pour l’identification des espèces, ce qui a entravé l’évaluation et la compréhension de l’épidémiologie de S. epidermidis et l’évaluation des bactéries de cette espèce dans les cultures cliniques. Plusieurs caractéristiques inhérentes à S., les infections epidermidis ajoutent aux difficultés à établir un diagnostic microbien correct et à faire la distinction entre la contamination, la colonisation et la véritable infection. Ces caractéristiques consistent en une variation morphologique phénotypique, y compris des variantes de petites colonies (SCVs) et différents antibiogrammes (variabilité clonale), ainsi que des infections polyclonales et des infections CoNS multispécifiques (12, 20-22). Malheureusement, toutes ces caractéristiques de S., l’infection d’epidermidis peut ajouter à la difficulté d’évaluer les résultats de culture et donc augmenter le risque que les résultats soient rejetés comme étant dus à la contamination, empêchant un diagnostic et un traitement microbiens appropriés. Ces problèmes surviennent principalement lorsque S. epidermidis est évalué dans les biofilms et dans les infections liées aux appareils., Ces dernières années, la spectrométrie de masse par ionisation par désorption laser assistée par matrice-temps de vol (MALDI–TOF MS) a révolutionné le diagnostic microbien de routine, car cette méthode tant attendue permet une identification rapide et fiable à haut débit des isolats cliniques (23). MALDI-TOF MS contribuera de manière significative à améliorer l’évaluation et le diagnostic des infections causées par les CoNS (24).

un autre facteur qui a limité les recherches sur L’épidémiologie de S. epidermidis est l’absence de méthodes de génotypage rapides, Non laborieuses, hautement discriminatoires et reproductibles., L’électrophorèse sur gel en champ pulsé a été utilisée dans des études épidémiologiques à court terme, et le typage de séquences multilocus (MLST) a fourni des données non ambiguës et hautement reproductibles reflétant les relations évolutives à long terme entre les isolats (6, 25, 26). Cependant, ces deux méthodes nécessitent beaucoup de travail et de temps, et le pouvoir discriminatoire du MLST est insuffisant pour une utilisation courante dans les enquêtes sur les éclosions de génotypes de S. epidermidis associés aux soins de santé en raison de la grande proportion d’isolats de séquence de type 2 (6, 11).,

à la lumière des défis actuels auxquels sont confrontés la microbiologie clinique et les professionnels de la lutte contre les maladies infectieuses, L’article complet de Tolo et ses collègues inclus dans ce numéro de Journal of Clinical Microbiology présente une méthode intéressante pour simplifier l’identification des génotypes de S. epidermidis en milieu clinique (27)., En analysant sept polymorphismes nucléotidiques simples (SNP), ces chercheurs ont pu attribuer avec précision 545 (94%) des 578 types de séquences à six clusters génétiques (GCs), qui ont été supposés refléter trois sources différentes d’isolats: les isolats sanguins représentant une infection réelle, les isolats sanguins représentant des contaminants et les isolats de transport provenant de sources non hospitalières. Équivalent à l’utilisation d’un panel de cinq marqueurs génétiques bien étudiés (icaA, IS256, sesd , mecA et arginine catabolic mobile element), le typage GC pourrait différencier les isolats hospitaliers des isolats non hospitaliers avec une précision de 80%., Cependant, et sans surprise, aucune de ces méthodes ne pourrait faire de distinction adéquate entre les isolats de S. epidermidis provenant de sources d’infection et de contaminants. Cela peut être attribué à la constatation que la colonisation précède souvent l’infection, ce qui rend une méthode basée sur les données MLST incapable de faire la distinction entre les isolats hospitaliers qui causent des infections et ceux identifiés uniquement comme contaminants (26, 28).

Un autre résultat important et explicatif rapporté par Tolo et al., est-ce que l’utilisation de la morphologie des colonies est insuffisante pour distinguer les contaminants des isolats d’infection du même patient, comme c’est la pratique courante dans certains laboratoires de microbiologie. Il est également impératif d’analyser les génomes de plusieurs isolats de CoNS d’une culture clinique pour mieux comprendre et évaluer les défis susmentionnés associés à l’évaluation clinique des résultats de CoNS (y compris, mais sans s’y limiter, les VCs, les infections polyclonales et les infections multi-espèces de CoNS)., De plus, pour élucider l’évolution du génome au sein d’un hôte et reconstruire les événements de transmission, il sera essentiel d’analyser plusieurs isolats de chaque patient au moyen du séquençage du génome entier (WGS) (29). À l’avenir, WGS sera sans aucun doute utilisé comme méthode de génotypage de première ligne pouvant fournir des données rapides et complètement non ambiguës avec une résolution ultime Ainsi que des informations concernant la chaîne de transmission et la présence de facteurs de virulence, la résistance génotypique antimicrobienne et les éléments génétiques mobiles (30).,

à l’heure actuelle, les méthodes de séquençage de nouvelle génération (NGS) sont encore trop complexes pour être mises en œuvre dans la pratique quotidienne courante dans les laboratoires de microbiologie clinique pour une utilisation à grande échelle dans les enquêtes et la surveillance des éclosions (26). Le développement rapide actuel de l’analyse de NGS conduira probablement à une prise de conscience accrue de S. epidermidis en tant qu’agent pathogène cliniquement pertinent et résilient. Les méthodes NGS peuvent également aider à expliquer la diffusion de S., les souches epidermidis et leur fonction en tant que réservoir de gènes transférables qui peuvent améliorer la virulence et la résistance d’autres agents pathogènes dans les milieux de soins de santé ainsi que dans l’élevage.

L’étude de Tolo et coll. représente une étape importante vers l’amélioration de l’évaluation de la culture de S. epidermidis dans les laboratoires de microbiologie clinique, qui peut fournir une meilleure information aux médecins et ainsi leur donner un cadre pour une compréhension plus complète du tableau clinique des infections de S. epidermidis associées aux soins de santé., Ces connaissances permettront également de tirer des conclusions des études épidémiologiques et des enquêtes sur les éclosions et aideront à évaluer l’impact des mesures visant à réduire la propagation de S. epidermidis multirésistant et les infections qui en résultent dans le cadre des soins de santé.