TESTO

Gli stafilococchi coagulasi-negativi (CoNS) costituiscono una parte indigena del microbiota della pelle e della mucosa umana e animale (1)., In un periodo di diversi decenni, CoNS e in particolare Staphylococcus epidermidis si sono evoluti come importanti patogeni opportunistici, causando principalmente infezioni associate all’assistenza sanitaria in pazienti con dispositivi medici interni (2, 3). Queste infezioni erano precedentemente considerate prevalentemente di origine endogena, ma sono state accumulate prove considerevoli che confermano che i genotipi nosocomiali di S. epidermidis colonizzano pazienti e personale sanitario e causano una percentuale sostanziale di infezioni associate all’assistenza sanitaria (4-11). S., epidermidis è attualmente il principale agente patogeno nelle infezioni del flusso sanguigno correlate al catetere e nella sepsi neonatale ad esordio precoce ed è anche una causa frequente di infezioni articolari protesiche, endocardite della valvola protesica e altre infezioni correlate ai dispositivi biomedici (12-15). Una grande sfida clinica è che queste infezioni sono spesso causate da fenotipi S. epidermidis multiresistenti e che le infezioni sono di natura cronica a causa dell’aderenza e della formazione di biofilm su dispositivi medici interni., Questi fattori impediscono la terapia antimicrobica e possono infine richiedere la rimozione di dispositivi biomedici per eliminare le infezioni (2).

Rispetto a quanto osservato per lo Staphylococcus aureus resistente alla meticillina (MRSA), si sa molto meno sull’epidemiologia e la trasmissione di S. epidermidis in ambito sanitario, anche se i ceppi di S. epidermidis sono stati riconosciuti come patogeni nosocomiali significativi per più di 30 anni (2, 16). Questa negligenza può essere attribuibile all’ignoranza dell’effettiva portata dell’impatto di S. epidermidis sulle infezioni associate all’assistenza sanitaria., In particolare, le stime di tale importanza clinica dei CONS nell’ambito dell’assistenza sanitaria differiscono anche tra i paesi del Nord Europa (17, 18). Il significato di S. epidermidis come causa di infezioni associate al bestiame è stato recentemente oggetto di indagine (19).

Per un certo numero di anni, c’è stata una mancanza di metodi semplici e affidabili per l’identificazione delle specie, che ha ostacolato la valutazione e la comprensione dell’epidemiologia di S. epidermidis e la valutazione dei batteri di questa specie nelle colture cliniche. Diverse caratteristiche intrinseche di S., le infezioni da epidermidis aumentano le difficoltà nel fare una corretta diagnosi microbica e distinguere tra contaminazione, colonizzazione e vera infezione. Tali caratteristiche consistono in variazioni morfologiche fenotipiche, comprese le varianti di piccole colonie (SCV) e diversi antibiogrammi (variabilità clonale), nonché infezioni policlonali e infezioni multispecie CoNS (12, 20-22). Sfortunatamente, tutte queste caratteristiche di S., l’infezione da epidermidis può aumentare la difficoltà di valutare i risultati della coltura e quindi aumentare il rischio che i risultati vengano respinti come dovuti alla contaminazione, impedendo una corretta diagnosi e trattamento microbico. Questi problemi si verificano principalmente quando S. epidermidis viene valutato nei biofilm e nelle infezioni correlate al dispositivo., Negli ultimi anni, la spettrometria di massa MALDI-TOF MS (matrix–assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry) ha rivoluzionato la diagnostica microbica di routine, perché questo metodo tanto atteso consente un’identificazione rapida e affidabile a livello di specie ad alto rendimento di isolati clinici (23). La SM MALDI-TOF contribuirà in modo significativo a migliorare la valutazione e la diagnosi delle infezioni causate da CONS (24).

Un altro fattore che ha limitato le indagini sull’epidemiologia di S. epidermidis è la mancanza di metodi di genotipizzazione rapidi, non laboriosi e altamente discriminatori e riproducibili., L’elettroforesi su gel a campo pulsato è stata utilizzata in studi epidemiologici a breve termine e la tipizzazione multilocus Sequence typing (MLST) ha fornito dati inequivocabili e altamente riproducibili che riflettono relazioni evolutive a lungo termine tra isolati (6, 25, 26). Tuttavia, entrambi questi metodi sono laboriosi e dispendiosi in termini di tempo, e il potere discriminatorio di MLST è insufficiente per l’uso di routine nelle indagini epidemiche dei genotipi di S. epidermidis associati all’assistenza sanitaria a causa della grande percentuale di isolati di sequenza di tipo 2 (6, 11).,

Alla luce delle attuali sfide della microbiologia clinica e dei professionisti che affrontano il controllo delle malattie infettive, l’articolo completo di Tolo e colleghi incluso in questo numero di Journal of Clinical Microbiology presenta un interessante metodo per semplificare l’identificazione dei genotipi di S. epidermidis nell’ambito clinico (27)., Analizzando sette polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs), questi ricercatori sono stati in grado di assegnare in modo accurato 545 (94%) 578 tipi di sequenza di sei cluster genetici (GCs), che sono stati ipotizzati per riflettere tre diverse fonti di isolati: gli isolati di sangue che rappresenta la vera infezione, gli isolati di sangue che rappresentano i contaminanti, trasporto isolati da nonhospital fonti. Equivalente all’uso di un pannello di cinque marcatori genetici ben studiati (icaA, IS256, sesD , mecA e arginina catabolic mobile element), la digitazione GC potrebbe differenziare l’ospedale dagli isolati non ospedalieri con una precisione dell ‘ 80%., Tuttavia, e non sorprendentemente, nessuno di questi metodi potrebbe discriminare adeguatamente tra gli isolati di S. epidermidis da fonti di infezione e contaminanti. Ciò può essere attribuito alla scoperta che la colonizzazione spesso precede l’infezione, il che rende un metodo basato sui dati MLST incapace di distinguere tra isolati ospedalieri che causano infezioni e quelli identificati esclusivamente come contaminanti (26, 28).

Un altro risultato importante ed esplicativo riportato da Tolo et al., è che l’utilizzo della morfologia delle colonie è insufficiente come base per distinguere i contaminanti dagli isolati di infezione dallo stesso paziente, come è pratica comune in alcuni laboratori di microbiologia. È anche imperativo analizzare i genomi da diversi isolati di CONS da una cultura clinica per comprendere e valutare più pienamente le sfide sopra menzionate associate alla valutazione clinica dei risultati di CoNS (inclusi ma non limitati a SCV, infezioni policlonali e infezioni multispecie)., Inoltre, per chiarire l’evoluzione del genoma all’interno di un ospite e ricostruire gli eventi di trasmissione, sarà essenziale analizzare diversi isolati da ciascun paziente mediante l’uso del sequenziamento dell’intero genoma (WGS) (29). In futuro, WGS sarà senza dubbio utilizzato come metodo di genotipizzazione di prima linea in grado di fornire dati veloci e completamente inequivocabili con risoluzione finale, nonché informazioni riguardanti la catena di trasmissione e la presenza di fattori di virulenza, resistenza genotipica antimicrobica e elementi genetici mobili (30).,

Attualmente, i metodi di sequenziamento di nuova generazione (NGS) sono ancora troppo complessi per l’implementazione nella pratica quotidiana di routine nei laboratori di microbiologia clinica per un uso su larga scala nelle indagini e nella sorveglianza di focolai (26). L’attuale rapido sviluppo dell’analisi NGS porterà probabilmente ad una maggiore consapevolezza di S. epidermidis come agente patogeno clinicamente rilevante e resiliente. I metodi NGS possono anche aiutare a spiegare la diffusione di S., epidermidis ceppi e la loro funzione come un serbatoio di geni trasferibili che possono migliorare la virulenza e la resistenza di altri agenti patogeni in ambienti sanitari così come nella produzione di bestiame.

Lo studio di Tolo et al. rappresenta un passo importante verso il miglioramento della valutazione della coltura di S. epidermidis nei laboratori di microbiologia clinica, che può fornire migliori informazioni ai medici e quindi dare loro un quadro per una comprensione più completa del quadro clinico delle infezioni da S. epidermidis associate all’assistenza sanitaria., Tali conoscenze faciliteranno anche l’elaborazione di conclusioni da studi epidemiologici e indagini sui focolai e aiuteranno a valutare l’impatto delle misure volte a ridurre la diffusione di S. epidermidis multiresistente e le infezioni che ne derivano nel settore sanitario.