El Teniente Murphy era un ávido seguidor del CrossFit, y después de su muerte uno de sus entrenamientos favoritos fue nombrado en su honor. El entrenamiento, al que se refirió como ‘armadura corporal’, ahora se llama ‘Murph.’Mientras usa un chaleco ponderado de 20 libras (sustituto de la armadura corporal), es una carrera de una milla seguida de 100 pull-ups, 200 flexiones y 300 sentadillas, seguido de otra milla; hecho por el tiempo.,

Este entrenamiento se realiza en miles de cajas de CrossFit en todo el mundo en el día de los Caídos, generalmente como una recaudación de fondos para organizaciones benéficas militares.

el teniente Murphy fue asesinado el 28 de junio de 2005 después de exponerse al fuego enemigo y abandonar a sabiendas su posición de cobertura para obtener una señal clara con el fin de comunicarse con su cuartel general. Proporcionó la ubicación de su unidad y solicitó apoyo inmediato para su elemento y luego regresó a su posición para continuar luchando hasta que murió a causa de sus heridas.,

La operación Alas Rojas fue una misión contrainsurgente en la provincia de Kunar, Afganistán, en la que participaron cuatro miembros de los SEALs de la Marina de los Estados Unidos. Murphy y otros dos SEALs, Danny Dietz y Matthew Axelson, murieron en los combates, además de 16 soldados de las fuerzas de Operaciones especiales estadounidenses, que murieron cuando su helicóptero fue derribado mientras intentaban extraer al equipo SEAL. Antes de que un helicóptero fuera derribado en 2011, fue la mayor pérdida de vidas para las fuerzas estadounidenses desde que comenzó la invasión y la mayor pérdida para los SEALs desde la Guerra de Vietnam., Marcus Luttrell fue el único marinero estadounidense sobreviviente del escuadrón; estaba protegido por los aldeanos locales, que enviaron un emisario a la base militar más cercana, permitiendo que un equipo de rescate lo localizara.

Murphy lideró el equipo de reconocimiento de cuatro hombres en una misión para matar o capturar a un líder talibán, Ahmad Shah (nombre en clave Ben Sharmak), que comandaba un grupo de insurgentes conocidos como Los «Tigres de montaña», al oeste de Asadabad. The group was dropped off by helicopter in a remote, mountainous area east of Asadabad in Kunar Province, near thePakistan border., Después de una infiltración inicialmente exitosa, los pastores de cabras locales se toparon con el escondite de las focas. Al no poder verificar ninguna intención hostil de los pastores, El equipo los liberó. Los locales hostiles, posiblemente los pastores de cabras que dejaron pasar, alertaron a las fuerzas nearbyTaliban, que rodearon y atacaron al pequeño grupo. Después de que Murphy pidiera ayuda, un helicóptero MH-47 Chinook cargado con refuerzos fue enviado para rescatar al equipo, pero fue derribado con un RPG, matando a todos los 16 miembros del personal a bordo; ocho SEALs y ocho miembros del servicio de la 160A SOAR.,

Murphy, Dietz y Axelson murieron en la acción. Luttrell fue el único sobreviviente estadounidense y finalmente fue rescatado, después de varios días de vagar por la montaña y ser protegido por la gente de un pueblo de Afganistán. Los tres hombres de Murphy fueron galardonados con el segundo honor más alto de la Marina, La Cruz De La Marina, por su parte en la batalla, haciendo de ellos el equipo SEAL de la marina más condecorado de la historia.

el 4 de julio de 2005, los restos de Murphy fueron encontrados por un grupo de soldados estadounidenses durante una operación de búsqueda y rescate de combate y regresaron a los Estados Unidos., Nueve días después, el 13 de julio, Murphy fue enterrado en el Cementerio Nacional de Calverton, Calverton, Nueva York, sección 67, tumba no.3710, cerca de su ciudad natal de Patchogue, Nueva York.