text

stafilococii coagulazo-negativi (CoNS) constituie o parte indigenă a microbiotei pielii și mucoasei umane și Animale (1)., Pe o perioadă de câteva decenii, CoNS și în special Staphylococcus epidermidis au evoluat ca agenți patogeni oportuniști importanți, provocând în primul rând infecții asociate asistenței medicale la pacienții cu dispozitive medicale care locuiesc (2, 3). Aceste infecții au fost anterior considerate predominant ca fiind de origine endogenă, dar s-au acumulat dovezi considerabile care confirmă faptul că genotipurile nosocomiale de S. epidermidis colonizează pacienții și personalul medical și provoacă o proporție substanțială de infecții asociate asistenței medicale (4-11). S., epidermidis este în prezent principalul agent patogen în infecțiile de sânge legate de cateter și sepsisul neonatal cu debut precoce și este, de asemenea, o cauză frecventă a infecțiilor articulare protetice, a endocarditei valvei protetice și a altor infecții legate de dispozitive biomedicale (12-15). O provocare clinică majoră este că aceste infecții sunt adesea cauzate de fenotipurile S. epidermidis multidrog-rezistente și că infecțiile sunt de natură cronică datorită aderenței și formării biofilmului pe dispozitivele medicale care locuiesc., Acești factori împiedică terapia antimicrobiană și, în cele din urmă, pot necesita îndepărtarea dispozitivelor biomedicale pentru a elimina infecțiile (2).

în Comparație cu ceea ce a fost observat de Staphylococcus aureus meticilino-rezistent (MRSA), mult mai puțin este cunoscut despre epidemiologia și transmiterea de S. epidermidis în setările de îngrijire a sănătății, deși tulpinile de S. epidermidis au fost recunoscute ca semnificative nosocomiale patogeni pentru mai mult de 30 de ani (2, 16). Această neglijență poate fi atribuită ignorării gradului real al impactului S. epidermidis asupra infecțiilor asociate asistenței medicale., În special, estimările unei astfel de importanțe clinice a contra în cadrul asistenței medicale diferă chiar și între țările din nordul Europei (17, 18). Semnificația S. epidermidis ca cauză a infecțiilor asociate animalelor a fost recent un subiect de investigație (19).de-a lungul mai multor ani, a existat o lipsă de metode simple și fiabile pentru identificarea speciilor, ceea ce a împiedicat evaluarea și înțelegerea epidemiologiei S. epidermidis și evaluarea bacteriilor din această specie în culturile clinice. Mai multe caracteristici inerente ale lui S., infecțiile epidermidis adaugă la dificultățile de a face un diagnostic microbian corect și de a distinge între contaminare, colonizare și infecție adevărată. Aceste caracteristici constau în fenotipice variațiile morfologice, inclusiv colonii mici variante (SCVs) și diferite antibiogramelor (clonale variabilitatea), precum și policlonali infecții și specii Contra infecțiilor (12, 20-22). Din păcate, toate aceste caracteristici ale lui S., infecția cu epidermidis poate crește dificultatea de a evalua rezultatele culturii și, prin urmare, crește riscul ca rezultatele să fie respinse ca fiind datorate contaminării, prevenind diagnosticarea și tratamentul microbian adecvat. Aceste probleme apar în primul rând atunci când S. epidermidis este evaluat în biofilme și în infecțiile legate de dispozitiv., În ultimii ani, spectrometria de masă cu ionizare prin desorbție laser asistată de matrice (MALDI-TOF MS) a revoluționat diagnosticarea microbiană de rutină, deoarece această metodă mult așteptată permite identificarea rapidă și fiabilă la nivel de specie de mare viteză a izolatelor clinice (23). SM MALDI-TOF va contribui în mod semnificativ la îmbunătățirea evaluării și diagnosticării infecțiilor cauzate de CoNS (24).un alt factor care a limitat investigațiile epidemiologiei S. epidermidis este lipsa metodelor de genotipare rapide, non-laborioase și extrem de discriminatorii și reproductibile., Electroforeza în gel în câmp pulsatil a fost utilizată în studiile epidemiologice pe termen scurt, iar tastarea secvenței multilocus (MLST) a contribuit cu date neechivoce și foarte reproductibile care reflectă relațiile evolutive pe termen lung între izolate (6, 25, 26). Cu toate acestea, ambele metode sunt consumatoare de timp și consumatoare de timp, iar puterea discriminatorie a MLST este insuficientă pentru utilizarea de rutină în investigațiile focarelor de genotipuri S. epidermidis asociate asistenței medicale, datorită proporției mari de izolate de tip 2 de secvență (6, 11).,având în vedere provocările actuale cu care se confruntă microbiologia clinică și profesioniștii care abordează controlul bolilor infecțioase, articolul cuprinzător al lui Tolo și al colegilor incluși în acest număr al Journal of Clinical Microbiology prezintă o metodă interesantă pentru simplificarea identificării genotipurilor S. epidermidis în cadrul clinic (27)., Analizând șapte single nucleotide polymorphisms (Snp), acești cercetători au reușit să distribuie cu precizie 545 (94%) de 578 secvență tipuri de șase clustere genetice (GCs), care s-au emis ipoteza de a reflecta trei surse diferite de tulpini: tulpini izolate din sânge reprezintă adevărata infecție, izolate din sânge reprezintă contaminanți, și transportul tulpinilor izolate de la nonhospital surse. Echivalentă la utilizarea unui panou de cinci bine studiat markeri genetici (icaA, IS256, sesD , mecA, și arginină catabolice element mobil ), GC tastarea ar putea diferenția spital din nonhospital izolate cu o precizie de 80%., Cu toate acestea, și nu este surprinzător, nici una dintre aceste metode nu ar putea discrimina în mod adecvat între izolatele S. epidermidis de infecție și sursele contaminante. Acest lucru poate fi atribuit constatării că colonizarea precede adesea infecția, ceea ce face ca o metodă bazată pe datele MLST să nu poată distinge între izolatele spitalicești care provoacă infecții și cele identificate doar ca contaminanți (26, 28).un alt rezultat important și explicativ raportat de Tolo și colab., este faptul că utilizarea morfologiei coloniilor este insuficientă ca bază pentru a distinge contaminanții de izolatele de infecție de același pacient, așa cum este practica obișnuită în unele laboratoare de Microbiologie. De asemenea, este imperios necesar să se analizeze genomuri din mai multe Contra tulpinilor izolate de la o clinică de cultură să mai înțeleagă pe deplin și să evalueze mai sus-menționat provocările asociate cu evaluarea clinică a CoNS constatări (inclusiv, dar nu limitat la SCVs, policlonali infecție, și specii Contra infecțiilor)., Mai mult, pentru a elucida evoluția genomului într-o gazdă și pentru a reconstrui evenimentele de transmisie, va fi esențial să analizăm mai multe izolate de la fiecare pacient prin utilizarea secvențierii genomului întreg (WGS) (29). În viitor, WGS va fi, fără îndoială, utilizat ca o metodă de genotipare de primă linie care poate furniza date rapide și complet lipsite de ambiguitate cu rezoluție finală, precum și informații privind lanțul de transmitere și prezența factorilor de virulență, rezistența genotipică antimicrobiană și elementele genetice mobile (30).,în prezent, metodele de secvențiere de generație următoare (NGS) sunt încă prea complexe pentru a fi implementate în practica zilnică de rutină la laboratoarele de microbiologie clinică pentru utilizarea pe scară largă în investigațiile și supravegherea focarelor (26). Dezvoltarea rapidă actuală a analizei NGS va duce probabil la creșterea gradului de conștientizare a S. epidermidis ca agent patogen relevant și rezistent din punct de vedere clinic. Metodele NGS pot ajuta, de asemenea, la explicarea diseminării S., tulpinile epidermidis și funcția lor ca un rezervor de gene transferabile care pot spori virulența și rezistența altor agenți patogeni în setările de îngrijire a sănătății, precum și în producția de animale.

studiul realizat de Tolo și colab. reprezintă un pas important spre îmbunătățirea evaluării culturii S. epidermidis în laboratoarele de microbiologie clinică, care pot oferi o mai bună informare medicilor și, prin urmare, le oferă un cadru pentru o înțelegere mai cuprinzătoare a imaginii clinice a infecțiilor S. epidermidis asociate asistenței medicale., Aceste cunoștințe vor facilita, de asemenea, tragerea concluziilor din studiile epidemiologice și investigațiile focarelor și vor ajuta la evaluarea impactului măsurilor care vizează reducerea răspândirii S. epidermidis multidrog-rezistent și a infecțiilor rezultate în cadrul asistenței medicale.