În 1259, în timp ce blocat în luptă cu Cântec în sudul Chinei, Kublai primit vestea că Möngke a fost ucis în luptă. La scurt timp după ce a aflat că fratele său mai mic Ariq Böke a consolidat puterea la capitala mongolă Karakorum și a convocat o întâlnire a familiilor regale care l-au numit Marele Khan. Cu propriile sale modele pe tron, Kublai a falsificat un armistițiu cu cântecul și sa întors acasă, unde a contestat cererea fratelui său și a numit el însuși marele Khan în 1260.,

pretențiile concurente ale fraților ar declanșa un război civil între cele două facțiuni, Kublai devenind în cele din urmă victorios în 1264. Ariq Böke s-a predat în Shangdu (cunoscut și sub numele de Xanadu) lui Kublai, care i-a cruțat viața. Cu toate acestea, Kublai ar fi executat toți susținătorii săi, asigurându-și locul ca noul Mare Khan al Imperiului Mongol.,din nou, demonstrând respectul său pentru cultura chineză și evitând obiceiul predecesorilor săi de a guverna cu un pumn de fier, Kublai Khan a mutat capitala imperiului de la Karakorum la Dadu, în ceea ce este acum Beijingul modern, și a condus printr-o structură administrativă mai mult în conformitate cu tradiția locală. Deși nu fără problemele sale, domnia lui Kublai Khan s-a remarcat prin îmbunătățirile sale în infrastructură, toleranța religioasă, utilizarea banilor de hârtie ca mijloc principal de schimb și expansiune comercială cu Occidentul.,

de asemenea, El a introdus o nouă structură socială care a divizat populația în patru clase: mongol aristocrație și un negustor străin de clasă au fost atât scutite de la impozitare și s-a bucurat de privilegii speciale, în timp ce nordul și sudul chinei a purtat cele mai multe dintre imperiul lui povară economică și au fost obligați să facă mai mult de muncă manuală.pentru domnia sa relativ binevoitoare, Kublai avea să-și câștige în cele din urmă porecla Wise Khan., Cu toate acestea, ambițiile sale s-au extins mult dincolo de granițele imperiului său existent, iar în 1267, și-a reînnoit eforturile de a supune Dinastia Song din sudul Chinei. Campania s-ar dovedi a fi una de lungă durată, în parte din cauza dificultăților strategice pe care le-a reprezentat. Terenul a fost dificil pentru cavalerie—pe care puterea forțelor mongole s—a bazat foarte mult-să navigheze. În plus, fortificațiile au necesitat noi tactici de asediu, cum ar fi construirea catapultelor și a teritoriului cel mai bine abordat pe mare, a necesitat o extindere semnificativă a Marinei., În ciuda acestor provocări, până în 1279, Kublai Khan a cucerit definitiv cântecul și a devenit primul Mongol care a condus întreaga China.